L’étude des microbiotes en odontologie
Le microbiote se développe sur toutes les surfaces orales. Le microbiote oral eubiotique (« eu » en grec : bien, vrai, normal) est un ensemble de micro-organismes, indispensable pour s’opposer à la colonisation de micro-organismes étrangers à cet écosystème. L’équilibre du microbiote est associé à la santé bucco-dentaire et générale. S’il prolifère de façon incontrôlée ou si l’état immunitaire de l’hôte s’affaiblit, il y a une rupture d’équilibre au sein de ce microbiote et il devient dysbiotique (« dys » : idée de difficulté, mauvais état). Les microbes qui le constituent se spécialisent pour former notamment des microbiotes associés aux candidoses orales, aux gingivites, aux maladies carieuses et parodontales [1, 2].
À partir des années 1980, les cultures en anaérobiose ont montré que certaines espèces bactériennes devenaient majoritaires dans le microbiote dysbiotique de la maladie carieuse et des parodontites. La recherche de consortiums bactériens a alors été proposée pour le diagnostic et le suivi de l’évolution des parodontites [3]. Puis la métagénomique (étude et exploitation des génomes) a révélé que le microbiote oral pouvait contenir l’ADN de plusieurs centaines ou milliers d’espèces bactériennes, dont la plupart n’étaient pas cultivables au laboratoire [4, 5]. Des espèces « phares », comme Streptococcus mutans ou Prevotella intermedia, pouvaient être minoritaires ou absentes dans certaines lésions carieuses ou parodontales.
La protéomique (étude des protéines présentes dans les cellules ou dans les tissus) a permis de rechercher si les bactéries d’une lésion carieuse ou parodontale exprimaient ou non leurs facteurs de virulence. Le diagnostic basé sur la recherche des enzymes, toxines, peptides antibactériens (AMPs) ou autres ne s’est pas imposé, pas plus que des traitements ciblant ces molécules [2, 7-8]. En parallèle…
